A Igreja, através da Diocese de Vila Real, tem permanecido ao lado do padre Fernando Guerra. O bispo de Vila Real, Joaquim Gonçalves, logo após a detenção, apressou-se a garantir que o sacerdote iria manter as paróquias, convicto que o "caso não tem nada a ver com actos de terrorismo ou de tráfico de armas". O bispo admite que a posse de armas não é o melhor exemplo: "Os sacerdotes têm que se comportar de forma pacífica, não pode ser um guerrilheiro da fé." Mas atirou com a presunção de inocência para manter a confiança, apesar de sobre o padre Fernando Guerra recaírem outras queixas. Segundo Joaquim Gonçalves, até hoje o padre de Covas do Barroso não foi condenado em nenhum processo. "A ser verdade que ele tinha aquele armamento poderá tratar-se de um negócio atrevido de armas de caça para fornecimento de amigos. Mas não sei", referiu.